摘 要

生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学，在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用。生物钟基Per在肿瘤细胞中表达对肿瘤起到抑制作用。本研究主要应用此方法对卵巢癌组织中的生物钟基因Per表达差异进行研究， 对其进行初步的生物信息学分析。

本文多参考肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具，筛选在卵巢增生症病变组织和卵巢癌组织来源基因表达系列分析，并用生物信息学方法对其中一条功能未知基因Per2进行初步分析，预测其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、表达谱、蛋白质结构功能域及在其他物种中的相似蛋白等。最后通过定量PCR对Per2在卵巢增生症病变组织和卵巢癌中的表达进行初步论证。

关键词：Per2，卵巢癌，肿瘤基因组解剖计划数据库，PCR

Abstract

Bioinformatics is a combination of emerging from the intersection of mathematics statisti-

cs，computer science and biomedical science， the difference in the study of tumor expression of genes has played an increasingly important role. Circadian clock-based Per expression in tu-

mor cells play an inhibitory effect on the tumor. This study uses this method to study different-

ial exp-ression of ovarian cancer tissue circadian clock genes Per preliminary bioinformatics a-

nalysis.In this paper multi-reference tumor genome anatomy plan database of digital gene exp-

ression presentation tools filter express serial analysis of the source of ovarian hyperplasia les-

ions organization and ovarian cancer organizations genes，and bioinformatics methods in which a functi-on of unknown genes Per2 carry out a preliminary analysis，to predict the gene struc-

ture，chro-mosomal localization， physical and chemical properties of the encoded protein， subcellular loc-alization， expression of the spectrum， protein structure and function of the domain and in other species like protein，etc.. Preliminary demonstration of Per2 expression in ovarian hyperplasia lesions and ovarian cancer by quantitative PCR.

Keyｗords：Per2，Ovarian cancer，Cancer Genome Anatomy Project database，PCR

目 录

目 录 II

第一章 绪论 3

1.1 国内外研究现状 3

1.2研究的目的和意义 3

1.3 研究内容及计划 3

第二章 SPSS10.0初步认识和应用 4

2.1 SPSS概述 4

2.1.1 SPSS10.0的特点 4

2.1.2 SPSS10.0对环境的要求 6

2.1.3 SPSS10.0的安装启动及退出 7

2.2 SPSS的系统简介 8

2.2.1 spss统计分析功能概述 8

2.2.2 SPSS数值分析过程 8

2.2.3 SPSS图形分析过程 19

2.3常用统计图 21

2.3.1统计图概述 21

2.3.2 条形图（Bar Charts） 21

2.3.3 高低图 24

2.3.4正态概率分布图（Normal P-P Plots） 25

2.4 实例分析 26

第三章 研究目标（乳腺癌与相关基因） 30

3.1 研究目标 30

3.1.1乳腺癌 30

3.1.2 生物钟基因 32

3.1.3 Per3与乳腺癌的关系 32

3.1.4 Per1基因 33

3.1.5 Per2对肿瘤细胞生长及放射敏感性的影响（实验） 35

第四章 结 论 38

致 谢 39

参考文献 40

第一章 绪论

1.1 国内外研究现状

Konopka在1971年首次研究了生物钟基因的突变对生物行为的影响，她通过诱导果蝇精子中NDA的随机突变来观察其突变子代的羽化时间，结果发现第一种突变体节律失调（称为0或者节律失调型），它会在白天或黑夜的任何时间羽化，接着他又分离出两种突变体，其中一个羽化得早（在黎明之前，称为S型），另一个羽化的晚（在 黎明之后，称之为L型），而正常果蝇的自由运转节律周期稍长于24h。将这些果蝇和野生果蝇杂交后发现，与果蝇生物钟的行为变化相连的突变源于单基因。因为这个基因的突变改变了果蝇的昼夜节律周期，因此它被称为“周期 基因（Period），在小鼠和人体内也发现类似于果蝇Period基因，二者均含有保守的PAS结构域。

宁夏大学为了研究Per1和Per2之间的关系，采用试验方法进行细胞株的培养，PMA诱导细胞产生生物钟基因的表达。取不同时间点的细胞，采用免疫组织化学法和RT-PCR检测体外培养的胶质瘤细胞和正常细胞的Per1、Per2基因表达的差异。 结果对免疫细胞化学结果用Image pro-Plus进行处理，方差分析结果显示PMA刺激诱导的NIH3T3细胞中Per1、Per2基因的表达表现为近日节律，而PMA刺激诱导的C6细胞中Per1、Per2基因的表达不表现为近日节律，NIH3T3细胞中Per1、Per2基因的表达与C6细胞中Per1、Per2基因的表达有显著性差异。采用RT-PCR半定量检测NIH3T3细胞与C6细胞中Per1、Per2基因的mRNA，实验结果处理得出了同样的结果。 结论C6细胞和NIH3T3细胞内均存在Per1和Per2基因的表达。Per1和Per2基因在NIH3T3细胞内呈近日节律性表达，而在C6细胞内Per1和Per2基因的表达不表现为近日节律且表达水平较低。

1.2研究的目的和意义

生物钟基因作为内源性节率起步器使生物机体的生命活动维持大约以24小时为周期的近日节律以适应外界环境的变化，从而维持机体的内稳定。生物节律的紊乱会导致一系列疾病甚至癌症。大量研究表明核心生物钟基因Per2与癌症发生发展关系密切，是一种抑癌基因，其作用机制可能与Per2基因与雌激素受体α生物节律的信号传导、调节细胞周期诱导凋亡、肿瘤抑制蛋白有关，且研究发现，Per2甲基化与乳腺癌的发生高度相关，这可能是节律紊乱容易导致乳腺癌发生的重要因素。因此，研究生物钟与乳腺癌的关系有助于我们更好的了解其间的密切关系，更好的应用于医学领域。

1.3 研究内容及计划

内容：生物钟的工作机理以及和卵巢癌的关系，阐明生物钟对卵巢癌的抑制原理。

计划：
    1，首先对课题作深入的了解，清楚生物钟和卵巢癌的具体内在关系。
    2，接下来用来资料的收集和整理，主要途径是图书馆的图书借阅，老师的定向咨询，另外还需要学习SPSS软件，并用此软件分析统计所需要的细胞和基因。
    3，最后，主要填写毕业设计，尽量完善所写的数据和资料，发现不会的地方及时的请教老师和成绩好的同学，尽量做到完美设计。